Abt oder Äbtissin und Konvent leiten das Kloster nach der „Verfassung des Klosters Amelungsborn“ vom 9. September 2021.
Der Abt oder die Äbtissin müssen als ordinierte Amtsträger ein kirchliches Amt in der hannoverschen Landeskirche bekleiden.
Der Abt oder die Äbtissin werden vom Konvent gewählt. Die Wahl bedarf der Bestätigung durch den Personalausschuss der Landeskirche.
Abt ist gegenwärtig Eckhard Gorka, Regionalbischof i.R. für den Sprengel Hildesheim-Göttingen.